Jedna od najvažnijih faza u razvoju rajčice svakako jest i oplodnja. Značaj ove faze je utoliko veći ukoliko nam je poznata činjenica kako bez oplodnje neće biti ni zametnutih plodova.
Pored toga, trebamo voditi računa da sami postupak oplodnje izvedemo na pravi način. Naime, proces oplodnje je veoma osjetljiv te ga stoga moramo izvršiti u pravo vrijeme i na pravi način. Također, nedovoljno upućeni uzgajivači povrća često znaju hormonima tipa Betoksona poprskati i cvjetove ostalog uzgajanog povrća, kao što su paprike, krastavci i sl. Međutim, to nije potrebno jer je cvijet rajčice specifične građe.
On je dvospolan, što znači da sadržava i muške i ženske organe pa je razumljivo da se i većina cvjetova oplodi samooplodnjom. Dok to u prirodnim uvjetima potpomaže vjetar i insekti, u zatvorenom prostoru je potrebno koristiti i navedene pripravke za pospješivanje oplodnje (Betokson i dr.).
Ali, treba znati kako su svi hormoni po svom sastavu herbicidi te stoga treba paziti da ostvare kontakt samo s cvjetovima a nikako sa zelenim dijelovima biljke (list, stabljika i sl.) jer onda dolazi do njihovog uvijanja i deformacije. Također, treba znati kako se na isti cvijet hormon ne smije nanositi dva ili više puta jer, u protivnom, za posljedicu imamo formiranje izobličenih plodova.
A «muška vodica» se primjenjuje na način da prstima lijeve ruke obujmimo cvijet dok desnom rukom putem ručne pumpice doslovce pogodimo unutrašnjost samog cvijeta. Spomenimo i kako se posljednjih godina u zatvorene prostore sve više unose i male košnice s bumbarima dok se na manjim površinama oplodnja može ostvariti i protresanjem biljaka (vrijedi i za papriku) čime dolazi do pucanja polenovih kesica i oplodnje tučka!