Za sva ulaganja vezana za gradnju ili rekonstrukciju potrebno je ishoditi građevinsku dokumentaciju (građevinska dozvola, potvrda glavnog projekta i sl.). Postupak ishođenja građevinske dokumentacije zna biti dugotrajan, a svojim trajanjem određuje i dinamiku slanja prijave na natječaj. S obzirom na to da se u većini prijava građevinska dokumentacija pribavlja na razini lokalne uprave, najbolje je dogovoriti s nadležnim lokalnim službama cijeli projekt barem 2-3 mjeseca prije javljanja na natječaj.
Nadalje, važno je znati da građevinska dokumentacija predstavlja podlogu za izradu Elaborata zaštite okoliša na temelju kojeg se izdaje Potvrda o usklađenosti ulaganja i podnositelja s nacionalnim i EU standardima s područja zaštite okoliša. Bez pripremljene građevinske dokumentacije nije moguće ni krenuti u postupak nabave s obzirom na činjenicu da troškovnici, na temelju kojih se pripremaju ponude za gradnju i rekonstrukciju, a u nekim slučajevima i ponude za opremanje, u pravilu proistječu iz glavnog projekta koji predstavlja podlogu za izradu građevinske dokumentacije.
Građevinska dokumentacija treba biti što točnija i mora realno odražavati konačan izgled i sadržaj projekta. Korisniku je tijekom provedbe projekta omogućeno dva puta prijaviti njegovu izmjenu. Korisnik može provesti izmjene tek po odobrenju Agencije za plaćanja. Sam postupak odobravanja izmjena može potrajati i do dva mjeseca tijekom kojih je projekt zaustavljen. U slučaju da ste dobili dva odobrenja za izmjene projekta, svaku sljedeću izmjenu ne može financirati Agencija za plaćanja te Vam se umanjuje iznos isplaćene potpore, a u nekim slučajevima može se projekt odbiti u cijelosti.
U većini ulaganja korisniku je omogućeno ulaganje u objekte na česticama koje su u njegovom vlasništvu ili je nad takvim česticama ostvario pravo gradnje. Potrebno je osigurati da su vlasništvo ili pravo gradnje jasno vidljivi iz priloženog vlasničkog lista.



