Pretpostavlja se da je istarski gonič vrlo stara pasmina i da su njihove pretke Feničani doveli iz Egipta u Grčku. Odatle su, širenjem grčke civilizacije, stigli u sjeverne dijelove Balkana, područje istarskog poluotoka (Lovrenčić, 1944.).
U »Hrvojevom misalu« (glagoljski kodeks) iz 1403.-1405. godine nalazi se minijatura nepoznatog autora koja prikazuje srednjovjekovnog lovca na konju sa sokolom u ruci i psom ispod konja.Na osnovi proporcija tijela, oblika glave, položaja uški te boja (bijela sa smećkastonarančastim oznakama) može se reći da se radi o brakoidnom tipu psa, odnosno da je riječ o istarskom kratkodlakom goniču (Bauer, 1994). Najvjerojatnije se radi o najstarijem prikazu istarskoga goniča. Đakovački biskup Petar Bakić u manuskriptu (De vitas populi et de culturaa armentorum et pecorum Diacovae et eisusu Districtus anno Domini 1719) opisuje lovačke pse i spominje lovačkog psa »od 3 do 4 pedlja visokog, kratke ili srednje duge bijele dlake s crvenim pjegama po tijelu raznih veličina, koji se napose uzgaja u hrvatskim krajevima oko mora« čiji opis odgovara istarskom goniču.
Svi su se lovački psi koje Petar Bakić opisuje već tada uzgajali u Hrvatskoj više od 200 godina (Romić, 1977.).Usvojoj je povijesti istarski kratkodlaki gonič bio, posebice u 18. i 19. stoljeću, pas patricija i plebejaca. Živio je uz najimućniji sloj ljudi toga vremena, a uz to, bio je pas drugačiji od ostalih. Da bi netko mogao imati tog psa, morao je platiti veliki iznos. Prema mišljenju mr. Ratimira Orbana (1979.), oštrodlaki istarski gonič razvio se u hladnijim predjelima, gdje je došlo do mutacije kratke dlake u oštru.
Na osnovi biokemijskih i genetičkih istraživanja, danas je dokazana izrazito bliska srodnost s dalmatinskim psom (Bauer i sur., 1999; Zajc i Kus, 2001). Kako iz dostupne literature proizlazi, istarski je gonič imao značajan utjecaj na formiranje mnogih zapadnoeuropskih pasmina pasa, kao što su: Devon and Somerset Harrier, Bracco italiano tipo bianco arancio, Spinone italiano a pelo duro tipo bianco arancio, Chien de Saintonge, Chien de Porcelaine, Chien de Vendeé, Berner Laufhund i još neki (Orban, 1979).
Stoljetnim uzgojem na području Istre, u Hrvatskom primorju i u Dalmaciji od pridošlog tipa oblikovali su se neki tipovi za potrebe lova u obalnom području. Lakši i gracilniji tip razvio se na otocima a nešto teži tip goniča u priobalju, te su tako stvorena dva regionalna tipa. Kod oba tipa javlja se osnovna bijela boja s oznakama smeđe ili crne boje u različitim tonovima i kombinacijama, kao dvobojna ili trobojna varijanta.Nisu sve varijante i oblici oznaka danas priznati kod istarskoga goniča i dalmatinskog psa. Priznate su samo dvobojne forme obojenosti (Špoljarić, 2008.). Začetnik suvremenog uzgoja pasmine je slovenac Ivan Lovrenčić koji je uzgoj započeo jedinkama iz Gorskoga kotara. Pri tome se većina populacije pasmine uvijek nalazila u Hrvatskoj, pa tako slovenskim uzgajačima (Ivan Lovrenčič) dugujemo zahvalnost za uspostavu kontroliranog uzgoja ove hrvatske pasmine (Horvath, »Hrvatske baštinjene pasmine«). Gospodin Milivoj Krasović iz Karlovca započinje s uzgajanjem istarskih goniča 1899. godine, i on je danas najstariji poznati uzgajivač istarskih goniča u Hrvatskoj (Špoljarić, 2008.).
Povijesno je istarski gonič imao značajnu ulogu u lovu i kao osobna pratnja. Istarskog goniča lovci svrstavaju u odlične goniče, posebice za lov na zeca i lisicu, a može se upotrebljavati i kao krvosljednik. Njegova konstitucija pogodna je za prostrane otvorene lovne terene Istre. Strastveni je lovac.
Registar autohtonih pasmina pasa (rodovna knjiga) u Republici Hrvatskoj vodi Hrvatski kinološki savez (HKS) koji izdaje i rodovnice.Ukupan broj upisanih pasa u hrvatsku rodovnu knjigu zbroj je upisanih pasa do osamostaljenja Republike Hrvatske, točnije odvajanja od Jugoslavenskog kinološkog saveza (1992) i početka izdavanja HR rodovnica, i zbroja upisanih pasa nakon osamostaljenja.Uskladu s tim podacima do 31. 12. 2011. upisano je 23105 pasa pasmine istarski kratkodlaki gonič koja se ne smatra ugroženom pasminom. Populacijski trend godinama je konstantan.
Istarski gonič značajan je dio našeg kulturno-povijesnog nasljeđa i dio biološke raznolikosti Republike Hrvatske. Istarskoga goniča lovci svrstavaju u odlične goniče, posebice za lov na zeca i lisicu, a može se upotrebljavati i kao krvosljednik. Njegova konstitucija pogodna je za prostrane otvorene lovne terene Istre.Glasa se s velikom ustrajnošću uglavnom visokim i daleko čujnim lavežom. Živahan je i strastveni lovac te vrlo poslušan i privržen svojem gospodaru, što ga uz pozitivne karakterne osobine i blag i miran temperament svrstava u jednu od omiljenih lovnih pasmina naše domovine.
I danas je u aktivnoj uporabi, što dakako pridonosi očuvanju pasmine, posebice radnih linija.Međunarodno je priznat kao hrvatska izvorna pasmina i naši ga uzgajači izlažu na međunarodnim izložbama pasa diljem svijeta.