Soja kao biljka sa velikim sadržajem proteina, ima velike potrebe prema dušiku. Od ishrane dušikom ovisi tempo porasta i razvića.
On utječe na masu lista pa prema tome, i na veličinu upijajuće površine. Intenzitet fotosinteze i njena produktivnost također pokazuju značajnu ovisnost od ishrane dušikom, što znači da je prinos sjemena i njegov kvalitet neposredno zavise od ovog hranjivog elementa. Potrebe soje u dušiku u toku vegetacijskog perioda nisu podjednake. One su najveće u toku cvjetanja i naljevanja zrna.
Međutim, u ishrani soje dušik je veoma značajan i u početku vegetacije mada su količine koje tada usvaja dosta male. Porast soje u početnim fazama, brzina formiranja kvržica i vrijeme početka kao i intenzitet gnojidbe pokazuju veoma veliku zavisnost od ishrane dušikom. Kada je riječ o prihrani, mora se imati u vidu da samo soja koja je imala normalnu ishranu dušikom, predstavlja dobrog partnera u simbiotskom odnosu sa bakterijama. Zato se nedostatak dušika već u početnim fazama porasta i razvića izrazito nepovoljno odražava na prinos.
Velike količine dušika u ishrani soje nepovoljno utiječu na preuzimanje dušika. Naime, ono usporava formiranje kvržica na korijenu, smanjuje aktivnost bakterija, i na taj način na intenzitet dušika. Poznato je da soja azotofiksacijom podmiruje od 60 do 70% ukupnih potreba za dušikom.
U ishrani soje i fosfor ima veliki značaj. Od ishrane fosforom u značajnom stupnju zavisi proces formiranja kvržica i intenzitet azofiksacije. Tempo usvajanja fosfora se postupno povećava od početka vegetacije tako da najveću vrijednost dostiže u periodu nalijevanja semena sve do voštane zrelosti .
Uloga kalija u ishrani soje je također izrazito velika. Na azotofiksaciju i formiranje kvržica kalij utječe indirektno. Usvajanje kalija je najintenzivnije u periodu od formiranja mahuna pa do kraja nalijevanja zrna. U ovom periodu soja usvaja od 70 do 75% od ukupne količine kalija. Pored toga što su potrebe za kalijem u prvom delu vegetacije manje, njegov nedostatak i u ovom periodu se krajnje nepovoljno odražava na razvitak i prinos soje.
Za prihranu soje se danas gotovo isključivo koriste mineralna gnojiva. Dušična gnojiva se unose predsjetveno ili sa sjetvom, a količine se kreću od 20 do 30 kg/ha N. Samo izuzetno, na jako siromašnim zemljištima količinu dušika treba povećati do 40 kg/ha. Drugo prihranjivanje se obavlja prije početka cvatnje sa 40 do 60 kg/ha N.
Soja slabo reagira na prihranu fosforom i kalijem jer zemljištima dobrih fizičkih osobina, a koja su opskrbljena ovim elementima povećanje prinosa pri fosfornim i kalijevim gnojivima je minimalno, a ponekad i sasvim beznačajno. Pored ovoga, danas se preporučuje da se zavisno od osobina zemljišta, prihranom unese od 50 do 70 kg/ha P2O5 i 40 do 60 kg/ha K2O i to u osnovnom ili djelimično u osnovnoj, djelimično u predsjetvenoj prihrani. Međutim, kod nas se u proizvodnju soje najjače količine fosfora i kalija unose u zemljište u predsjetvenoj pripremi ili sa sjetvom.
