Odabir lokacije za postrojenje za akvakulturu je često najznačajnije pitanje koje je povezano sa zdravljem i sigurnosti okoliša.
Kriteriji za odabir lokacije uključuju zalihe vode i njen kvalitet; zaštitu od prirodnih rizika; kao i dostupnost unosa, uključujući tržište i radnu snagu .
Postrojenje za akvakulturu zahtjeva stalne zalihe vode u dovoljnim količinama u toku cijele godine. Zalihe vode ne smiju biti zagađene i moraju imati stabilnu i podesnu pH vrijednost, adekvatno rastvoren kisik, i mali turbiditet.
Neki proizvođači mogu tretirati ulaznu vodu kako bi se uklonile neželjene supstance, na primjer, korištenje filtera za uklanjanje potencijalnih predatora. Nadalje, farme akvakulture ne trebaju biti locirane blizu jedna drugoj, jer ovo može povećati rizik od prijenosa bolesti i može imati negativne efekte na kvalitet vode koja se unosi u sistem.
Lokacija treba imati tlo podesno za planiranu strukturu (npr., glinovito-ilovasto, ili pješčanoglinovito tlo za bazene, i čvrsti mulj na dnu za vrše) kako bi se omogućilo da struktura bude postavljena duboko u supstrat radi bolje podrške. Postrojenje za akvakulturu treba biti zaštićeno od snažnih vjetrova, valova, i plime; intenzivnog dolaska olujnih voda; predatora; i drugih prirodnih rizika. Umjerena plima, međutim, može pomoći da se osigura adekvatna razmjena vode u bazenima, vršama, i kavezima.
