Najznačajniji štetnici soje su stričkov šarenjak i grinje.
Stričkov šarenjak (Vanessa cardui)
Gusjenice mogu napraviti velike štete u pojedinim godinama ovisno o klimatskim prilikama. Javljaju se koncem proljeća, kao i za vrijeme ljeta. Gusjenice izgrizaju lišće i mogu ga tako oštetiti da ostaju samo drške i glavne žile. Suzbijanje se sastoji u uništavanju korova i primjeni kemijskih mjera, pri jačem napadu.
Grinje
Na soji se javljaju grinje sljedećih vrsta: atlantski pauk, obični crveni pauci i dr. Napadnute biljke zaostaju u svome porastu, a sam paučnjak se nalazi s donje strane lista, gdje se uočava fina paučinasta prevlaka.
Polifagna je vrsta, koja se hrani na oko 90 biljnih vrsta s velikim brojem generacija godišnje. Za njegov razvoj pogoduje mu toplo i suho vrijeme, te su i štete najveće u srpnju i kolovozu.
Suzbijanje pored agrotehničkih mjera, kemijsko tretiranje izvoditi akaricidima (Mitac 20 EC, Tronic 20 EC, Bye Bye EC ili Demitan SC) po potrebi, kada se već uoči napad na rubnim dijelovima polja. Na soji se još mogu javiti sojin moljac, razne vrste sovica, metlica i
dr.