Pri podizanju zaštićenih prostora vrlo je bitno voditi brigu i o pristupačnosti kvalitetne vode. Za podmirenje optimalnih zahtjeva biljaka za vodom potrebno je osigurati dovoljnu količinu kvalitetne vode.
Za tu namjenu najkvalitetnija je kišnica koja se putem cijevi skuplja u rezervoare tj. lagune kao i voda iz prirodnih tokova. Najlošija voda za uporabu je bunarska voda.
Iako je važan čimbenik, kvaliteta vode se često previdi ili zaboravi dok se ne pojavi problem. Prije nego što se krene u proizvodnju treba napraviti analizu vode. Idealno, voda treba imati nizak sadržaj krutih čestica i otopljenih soli. Osim na fizička svojstva vode, proizvođač treba također računati i na biološku kvalitetu vode, odnosno ona treba biti iz čistog
izvora i bez biljnih patogena.
Kako bi se to osiguralo može se izvršiti kloriranje da se smanji onečišćenje bakterijama. Isto tako posebno su važna i kemijska svojstva vode za navodnjavanje. Kiselost (pH) bi trebala biti u granicama od 6.0 – 7.0, sadržaj karbonata i bikarbonata treba biti nizak jer će visoke razine rezultirati nedostacima hraniva u interakciji s pH (npr. željezo, bor). pH vode može se podesiti npr. da se smanji pH s 7.5 na 5.5 – 6.0, dodaje se fosforna ili sumporna kiselina u količini 400 – 600 ml/m3 H3PO4, ili 430 – 540 ml/m3 H2SO4.
Za neke kulture koje to bolje podnose (npr. rajčica), može se koristiti za navodnjavanje voda s relativno visokom električnom vodljivošću (EC). Idealno, električna vodljivost trebala bi biti ispod 0.75 dS m1, a pri električnoj vodljivosti većoj od 3.0 dS m1 mogu se očekivati veći problemi.