Postupak mikrooksidacije započinje ocjenom vina i preispitivanjem ciljeva vinara. Na temelju tih informacija radi se program mikrooksidacije.
Sva vina nisu prikladna za ovu tehnologiju – mikrooksidacija je potencijalno opasna za lagana, slabo strukturna i fenolima siromašna vina, koja mogu oksidirati prije nego izgraditi strukturu. Idealni kandidati su vina od niskih prinosa grožđa, produljene maceracije, predviđena za dugo dozrijevanje u podrumu s kontroliranim uvjetima.
Mikrooksidacija se može provoditi u bilo kojem stadiju vinifikacije, ali obično najbolji učinak daje pri kraju alkoholne i prije početka malolaktične fermentacije. U tom trenutku dodaju se količine od 10-60 ml/l/mjesec, a nakon malolaktične fermentacije 0,5-10 ml/l/mjesec čime se može izbjeći uobičajen gubitak boje u crnim vinima nakon malolaktične fermentacije.
Dozrijevanje vina na ovaj način traje do 6 mjeseci ili više, na što utječu temperatura, količina dodanog kisika, fenolni sastav vina i koncentracija SCK Optimalna temperatura podnima je oko 15 °C, jer je pri nižim temperaturama veći rizik od oksidacije vina. Dozrijevanje vina se mora kontrolirati senzomom i kemijskom analizom da bi se izbjegle neželjene promjene u sastavu i okusu vina, ali i da se odredi kraj procesa koji podrazumijeva maksimalnu kompleksnost te mekoću i podatnost okusa. Predugo trajanje procesa može dovesti do gubitka svježine, oksidacije vina i povećanja hlapive kiselosti.
Da bi se osigurale precizne minimalne količine kisika potrebna je specijalizirana oprema. Potrebnu količinu kisika za upuhivanje u vino dobijemo punjenjem rezervoara pod visokim tlakom. Isti volumen zraka se pušta pod pritiskom do difuzora u tanku. U difuzeru, keramički filter pretvara dotok zraka u struju sitnih mjehurića koji se brzo rasprše u vinu.