Ekološka (organska) je proizvodnja kozjeg mlijeka sve zastupljenija i može biti perspektivna za proizvođače na marginalnom zemljištu.
Ekološki uzgoj koza i proizvodnja kozjeg mlijeka osobito je raširena u Europi, pa je tako u Austriji 52,9 % stada koza u ekološkom uzgoju, u Latviji 49 %, u Estoniji 31,5 %, u Češkoj 29,1 % u Sloveniji 17,5 %, u Irskoj 8,7 %, u Italiji 7,5 %, Nizozemskoj 6,4 i u Grčkoj 4,1 %. Organska proizvodnja kozjeg mlijeka može biti učinkovita i održiva, ali i osjetljivija na sezonske fluktuacije dostupnosti krme. Mali proizvođači kozjeg mlijeka na marginalnom zemljištu imaju prigodu preći na organske postupke jer zemljište prije toga uglavnom nije bilo onečišćeno kemikalijama i umjetnim gnojivima.
Malim proizvođačima su potrebne važne i konkretne smjernice za dobivanje organskih certifikata, ali mogu ostvariti dodatni prihod od viših cijena organskih proizvoda, osobito ako ih se izvozi na neka bogatija tržišta. Organski kozji proizvodi su traženi jer se smatra da poboljšavaju dobrobit životinja, štite okoliš i održavaju nagrađivanje životnog stila u ruralnim područjima te da su »zdraviji« i potrošaču poželjniji. Emisija stakleničkih plinova i odlaganje mliječnog otpada u budućnosti bi mogli biti među najvažnijim ekološkim problemima u uzgoju koza i preradi kozjeg mlijeka u svijetu. Jedinstveni probavni sustav, velike populacije i velika konzumacija hrane u preživača rezultiraju globalnim emisijama plinova u atmosferu uglavnom CO2, CH4 i N2O.
Te se plinove smatra antropogenima, što znači da rezultiraju onečišćenjem okoliša uzrokovanim ljudskom aktivnošću. Globalno, emisije stakleničkih plinova od koza i ovaca iznose oko 20 do 25 % emisija plinova goveda, pri čemu mliječne koze pridonose u značajnoj količini među malim preživačima. Što se tiče jedinice proizvedenog mlijeka, čini se da mali preživači emitiraju više stakleničkih plinova od velikih preživača. To naglašava važnost ublažavanja i smanjenja štete od svih vrsta stoke, uključujući i mliječne koze, iz gospodarskih i ekoloških razloga. Učinkovito recikliranje i korištenje stajskog gnoja također poboljšava utjecaj mliječnih koza na okoliš. Učinkoviti sustavi upravljanja stajskim gnojem u proizvodnji mliječnih koza mogu smanjiti emisiju stakleničkih plinova koji muče naš planet.